Делая первые шаги в изучении биоинформатики, вы можете по-началу собирать из баз данных таблицы с результатами биологических исследований и обрабатывать их популярными табличными процессорами типа Microsoft Excel и LibreOffice Calc. Но по мере усложнения задач, вам конечно же понадобятся специализированные решения. Довольно богатые наборы простых и сложных алгоритмов обработки биоинформатических текстов включены в облачные инструментарии Galaxy и UCSC, а также в управляемую командной строкой программу BedTools. Но со временем их функциональность перестанет вас устраивать. Вам потребуется максимально кастомизировать и автоматизировать формирование наборов данных для различных биоинформатических программ, а из выведенных биоинформатическими программами текстов, в свою очередь, быстро и грамотно извлекать нужную для вашего исследования информацию. Тут уже сложно будет обойтись без самописных скриптов. Но вполне может быть, что у вас нет желания изучать программирование, или, несмотря на имеющееся знание языка, реализация необходимого алгоритма кажется вам слишком долгим и муторным процессом.

Проект посвящён созданию готовых скриптов под различные задачи обработки биоинформатических текстов.

• Упростить рутинные биоинформатические операции.
• Популяризовать биоинформатику.

• Биологи
• Генетики
• Врачи
• Биоинформатики
• Студенты/специалисты без знания программирования
  • если необходимо и достаточно только эксплуатировать скрипты
• Студенты/специалисты со знанием программирования
  • если есть желание ещё и принимать участие в разработке.

• Достаточный для ясного понимания выполняемых научных задач
• Уверенное пользование компьютером.

• Универсальны
  • каждый скрипт создаётся для охвата максимума задач
• Элементарно запускаются на многих операционных системах
• Работают без командной строки
  • вместо неё - дружественный интерактивный диалог
• По возможности, минимальньно потребляют RAM
• (Сведения для программистов)
  • Невелики по объёму кода
  • Содержат довольно простые алгоритмы
  • Не импортируют ни друг друга, ни сторонние модули
  • С подробно прокомментированным кодом
  • С человеко-понятными именами переменных.

Для написания кода я выбрал язык Python 3, т.к. он довольно простой и включает в себя большое количество готовых функций для работы с текстовой информацией.

Считаю, что проще всего для запуска скриптов использовать официальную питоновскую среду разработки IDLE (не ниже версии 3.6!).

IDLE входит в пакет Python. Скачать Python для Windows или ReactOS:

https://www.python.org/ftp/python/3.8.1/python-3.8.1-amd64.exe

(ссылка будет периодически вручную обновляться)

Обзор → Показать приложения → Утилиты → Терминал. Введите команду:

sudo dnf install python3-idle

В программе Терминал введите такую команду:

sudo apt install idle-python3.6 (3.7, ...)

1. Clone or download (зелёная кнопка наверху страницы репозитория)
2. Download ZIP
3. Распакуйте архив со всеми скриптами.

1. Создайте файл с расширением .py
2. Откройте его с помощью IDLE
3. Ctrl+V - вставьте скрипт из этого репозитория
4. Ctrl+S - сохраните.

1. Откройте IDLE (появится интерактивная оболочка)
2. Ctrl+N - создайте новый файл
3. Ctrl+V - вставьте скрипт из этого репозитория
4. Ctrl+S - сохраните.

Внимание! При ручном копировании скрипта из Github может съехать последняя строка. После вставки в IDLE отступите то количество табуляций, которое вы видите в выложенной на Github версии.

1. F5 - запустите скрипт
2. Следуйте указаниям в появившейся интерактивной оболочке Python Shell.

Аварийно: Ctrl+F6 - остановка выполнения скрипта.

Примечание: в IDLE 3 на Windows (включая актуальную на 2017 г. версию 3.6), есть такой неприятный баг, что хоткеи работают только при английской раскладке.

[опция1|опция2] - введите одну из перечисленных опций.

[опция1(|<enter>)|опция2] - опция1 - опция по умолчанию. Т.е. вместо ввода этой опции можно просто нажать enter.

[опция1(|опция2|опция3)|опция4] - опции 1, 2 и 3 равнозначны. Т.е., какую бы из этих опций вы не ввели, результаты работы программы будут одинаковыми.

[пример1|пример2|...] - если в конце перечисления в квадратных скобках стоит многоточие, то это - не опции, а примеры того, что вы должны ввести.

1. Произвожу тестирование на элементарных выборках
   • это позволяет легко визуально оценить правильность результатов
2. Произвожу тестирование на реальных данных
   • опубликованные на данный момент скрипты прошли многократную проверку в рамках моих научных и научно-коммерческих работ.

Если скрипт всё же выводит ошибку, кидайте в Issues полный текст (Traceback) этой ошибки и отрывки исходных файлов — попробуем разобраться вместе.

С любыми вопросами и предложениями смело обращайтесь в разделе Issues.

• Частичное переписывание кода опубликованного скрипта:

от 500 до 1000 руб.

• Полное или почти полное переписывание кода опубликованного скрипта, либо создание скрипта с нуля:

от 1000 до 5000 руб.

• Крупные, долгосрочные работы. Развитие скриптового конвейера, полностью автоматизирующего обработку текстов в рамках вашего научного исследования:

от 70000 руб./месяц.

*Для своих коллег любые доработки произвожу бесплатно.

Вы можете написать на platon.work@gmail.com. Пожалуйста, помните, что "без внятного ТЗ результат - ХЗ":).

Если вам пригодились опубликованные в этом репозитории скрипты, или просто понравилась идея проекта, вы можете выразить благодарность пожертвованием, пройдя по ссылке https://money.yandex.ru/to/41001832285976. Плюс расскажите о проекте однокурсникам или коллегам:)! Также буду очень благодарен, если вы поделитесь своим опытом использования скриптов.

• Формирование и визуализация матриц значений LD для пар SNP.
• Поиск SNPs в LD с запрашиваемыми.